Перестройка в камне
К 1692 году деревянная церковь обветшала. Старец Авраамий с братией обратились к патриарху Адриану, и тот дал благословенную грамоту:
«Деревянную трёхпрестольную церковь разобрать, бревна на чистом месте спалить, а на месте её построить две каменные церкви — холодную во имя Введения во храм Пресвятыя Богородицы, да по сторону той церкви другую церковь во имя святой преподобномученицы Евдокии для зимнего времени, тёплую с трапезой...»
Первый каменный храм возвели в 1692 году. А вот второму появиться помешал указ Петра I:
«В 1714 году последовал указ Петра Великого, воспрещавший начинать вновь постройку каменных зданий в провинциальных городах, а начатые уже постройки повелевалось приостановить. Такое распоряжение последовало для того, чтобы скорее и успешнее шло построение новой столицы Петербурга, и чтобы каменщики, которых тогда было очень немного, не отвлекались работой в других местах».
После упразднения монастыря
Когда Введенский монастырь упразднили, его храм приписали к Воскресенскому собору.
В 1810–1812 годах церковь снова перестроили — добавили двухэтажную трапезу и колокольню. В верхнем этаже устроили приделы:

• правый — в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость»
• левый — во имя Иоанна Предтечи и Николая Чудотворца

В нижнем этаже:

• правый придел — во имя преподобномученицы Евдокии
• левый — во имя мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии (устроен позже на средства купцов Подсосовых)

Введенская церковь дважды становилась самостоятельной и дважды снова приписывалась к собору — из-за бедности прихожан. Всё изменилось, когда почётные граждане Арзамаса, купцы Подсосовы, добровольно перешли из Благовещенского прихода во Введенский. На их средства соорудили новые позолоченные иконостасы, украсили иконы серебряными ризами, пополнили ризницу богатыми облачениями.
Богоносные служители
Несмотря на материальную нужду, и Введенская обитель, и церковь славились своими подвижниками.
В 1689–1691 годах в монастыре жил великий подвижник XVII столетия, арзамасец иеросхимонах Иоанн — основатель Саровской пустыни.
В XIX веке здесь служил священник Авраамий:
«Это был идеал простоты, нестяжательства и довольства своей далеко незавидной судьбой. Служа в самом бедном приходе и получая самые ничтожные доходы, он привлёк к себе бедноту со всего города, совершая панихиды за гривну меди, поминая покойников за грош. При этом он служил неспешно, с чувством, нисколько не хуже того, как другие священники поминали своих богатых прихожан».
При нём установился обычай всегда служить позднюю обедню, чтобы те, кто не попал на раннюю литургию, могли помянуть усопших.
Современники вспоминали:
«Бывало, о. Авраамий совершает неспешно проскомидию, а единственный его причетник Платоныч сидит на паперти и дёргает за верёвку, благовестит. Давно бы пора начинать, а о. Авраамий выйдет из алтаря, посмотрит в окно, подойдёт к дьячку и скажет: "Поблаговести ещё! Может, кто и подойдёт!" Жил он с супругой своей Вассой при церкви в крошечной убогой келье, в которой даже пол был кирпичный, а потому всегда было очень холодно. Детей у них не было».
Во второй половине XIX века настоятелем стал протоиерей Иоанн Петрович Лавров, законоучитель уездного и городского училищ. Он пользовался беспредельной любовью учеников и прихожан за необыкновенную доброту и сердечное отношение к делу.
Незавидная судьба церкви
После революции Введенскую церковь ждала печальная участь. В 1929 году по решению Арзамасского горсовета её разобрали на кирпичи «как пришедшую в ветхость». Казалось, храм исчез бесследно...

Главный монастырский храм был посвящен Живоначальной Троице и имел придел в честь преподобного Александра Свирского. В народе он именовался «Черной Троицей» для отличия от стоявшей неподалеку одноименной приходской церкви и называвшейся «Белой Троицей».
Церковь «Белой Троицей» была разрушена в 1930 году, находилась она на месте, где сейчас стоит памятник живописцу Александру Васильевичу Ступину.
После упразднения монастыря Троицкий храм сильно обветшал, так что в нем почти невозможно было служить. Священник его – Пантелеимон Иванов вместе с прихожанами просил церковные власти позволить им построить новую каменную церковь. 28 марта 1766 г. разрешение было получено. Новый храм строился долго – около 15 лет. Освящение главного престола совершилось в 1777 году. В 1833 г. храм был переименован в Свято-Духовской для отличия от соседней Троицкой церкви («Белой Троицы»). Приход церкви всегда был бедным, даже несколько раз приписывался к другим. Главная его улица – Голодаевка (ныне Пролетарская), вполне объясняет причину этого.
Вскоре при содействии местного художника и педагога А.В.Ступина значительно обогатилось внутреннее убранство храма, в частности был установлен новый иконостас. В 1860-х годах церковь обнесли оградой.
В 1929 году храм был закрыт, впоследствии здание было перестроено, став двухэтажным, и в нём была открыта типография. В 1990-х годах церковь была отреставрирована, а в 2005 году здание было возвращено Нижегородской епархии.

Высокогорский мужской монастырь был основан по решению арзамасских купцов и мещан. Они написали челобитную царю Петру Алексеевичу, в которой просили разрешения и давали обет построить на Высокой горе, в лесу, часовню, а при ней две кельи для монахов.
В декабре 1719 года по ходатайству набожных арзамасцев началось строительство теплой деревянной церкви в честь иконы Божией Матери Тихвинская. В 30-х годах XVIII века основанный монастырь несколько раз подвергался нападению разбойников, которые обитали в непроходимых арзамасских лесах. Иноки все монастырское имущество перенесли в Арзамасский Троицкий монастырь. Обитель опустела, а вскоре и вовсе была разрушена.
В 1743 году по распоряжению Синода после ходатайства жителей Арзамаса монастырь был возобновлен, но на самой вершине горы, в глубине леса. В 1745 году здесь была сооружена теплая трехпрестольная каменная Вознесенская церковь с приделами в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» и благоверных князя Петра и княгини Февронии Муромских. Монастырь был назван Высокогорской пустошью, а по главному престолу храма – Вознесенской.
Несмотря на малочисленность братии, обитель владела неплохими земельными угодьями, подаренными как арзамасцами, так и другими жертвователями из соседних уездов. Горожане любили пустыньку, уважали ее настоятелей. Монастырь, находившийся в четырех верстах от города в уединенном месте, был выбран местом исправления для провинившихся клириков и мирян. Антонию, как строителю обители, Нижегородской Духовной консисторией вменялось в обязанность принимать под надзор таковых, исправлять, и регулярно докладывать об их поведении епархиальному начальству. Трудность данного поручения осложнялась еще и тем, что большинство прибывших под епитимью страдали недугом пьянства, и от настоятеля требовалось, не столько строгости, сколько христианского сострадания к несчастным. Нетрезвость жизни некоторых клириков и монахов в начале XIX века приобрела такие размеры, что вынудила Николая I в марте 1830г. обратиться в Синод с указом, чтобы «люди, преданные пьянству и иному разврату, по удостоверении начальства в них непреодолимой склонности к порокам, отнюдь в монашестве терпимы не были». Грамоты с царским указом рассылались по всем монастырям для обязательного ознакомления с ними насельников, которые, после прочтения последнего, скрепляли его своими подписями. Высокогорская пустынь регулярно пополнялась «штрафниками», причем не только из арзамасских окрестностей, но и всей нижегородской округи.

Территория пустыни представляла собой треугольник, к нему вдоль южной стороны с востока подходила дорога из Арзамаса. Входы в обитель были устроены с Западной стороны. Святые ворота под колокольней открывались при торжественных случаях. Слева от Святых ворот-повседневные.

Высокая каменная колокольня построена в 1785 году над святыми воротами. Высота ее 57 метров. К северу от колокольни и обыденных ворот в одной линии со стеной расположен 2-х этажный каменный настоятельский корпус. В нём же располагался склад одежды. К югу от колокольни располагался 3-х этажный корпус. На первом этаже располагались пекарня, квасоварня и погреба. На втором-трапезная и келарня, а слева на 2 этаже келии братии.Они же располагались и на 3-м этаже.

Напротив этого корпуса на восток между тёплой церковью и южной стеной находился глубокий колодец. Помещение над ним зимой обогревалось печью. Воду поднимали с помощью механического насоса, который приводился в движение конной тягой. По водопроводу вода поступала и в келарню. В восточной части обители раскинулся фруктовый сад.

Архиерейский корпус был окрашен в красно-коричневый цвет. Построен в 1850-х годах. Здесь же была устроена домовая Церковь в честь Иверской иконы Божьей Матери и Свт. Тихона. Вдоль северной стены находился каменный 2-х этажный братский корпус, построенный в 1851 году. На Запад от него располагалась каменная житница. За западной монастырской стеной, рядом с настоятельским корпусом был гостинный двор: 2-х этажный каменный корус, каретный сарай, 2 конюшни и сушило для сена.На склоне реки Тёша находились хозяйственные постройки: скотный двор, дровянник, погреб и баня. К югу располагались обширные огороды.

Иконостас в 70-х годах 19 века был пятиярусный, резной, готической архитекруры. Своды и стены расписаны живописью. В западной части храма были обустроены 2 помещения под архив и библиотеку. В ней собраны более 400 экземпляров богослужебных, исторических и др. книг. Среди которых было Евангелие 14 века. С 1779 года Высокогорская пустынь числилась приписной к Саровской. У монастыря появились собственные благотворители: князья, помещики, купцы. Благоволил монастырю и Новгородский митрополит Димитрий (Сеченов) и его отец Алексей Иванович.
В 1784 году монастырь был обнесен со всех сторон каменными стенами с башнями, в следующем году над святыми воротами начали строить каменную колокольню, которая существовала до советских времен.
К началу ХХ века в монастыре было три церкви: соборная холодная в честь Вознесения Господня, теплая каменная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы с усыпальницей, домовая во имя святителя и чудотворца Тихона Задонского. Над святыми створчатыми вратами высилась четырехъярусная колокольня с 10 колоколами.
Ежегодно в праздник Вознесения из Арзамаса устраивался крестный ход. К этому времени в обитель стекались целые толпы богомольцев. В 1904 году в обители проживали 10 монахов и 40 послушников. В монастыре пребывали чудотворные иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и «Иверская».
В 1921 году постановлением Арзамасского уездного исполкома обитель была ликвидирована. Сначала здесь были организованы курсы для командиров и бойцов Красной армии, а в 1948 году – детская трудовая колония.
Решение о возрождении древней святыни Арзамаса было принято после возвращения Нижегородской епархии здания действующего храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы, сохранившегося с монастырских времен. До своего расформирования воспитательная колония тесно сотрудничала с Арзамасским благочинием, в том числе со Свято-Николаевским монастырем. Сестры общались с воспитанниками, занимались с ними хоровым пением, вели занятия в воскресной школе. Каждую субботу в Покровском храме совершалась литургия.
8 апреля 2021 года митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий посетил город Арзамас. В рамках архипастырского визита правящий архиерей побывал в Высокогорском мужском монастыре. В Покровском храме митрополит Георгий совершил молебен на начало благого дела. По благословению митрополита Георгия настоятелем архиерейского подворья Высокогорского Вознесенского мужского монастыря и ответственным за возрождение обители назначен настоятель Вознесенского Печерского монастыря Нижнего Новгорода архимандрит Тихон (Затёкин).
Кроме Покровского собора, на территории бывшей колонии сохранились четыре монастырских строения: архимандритский корпус, в котором находился штрафной изолятор, и три братских корпуса. Стены, башни монастыря, а также колокольня и Вознесенский собор были снесены.
В настоящее время в Покровском храме проведены внутренние работы: оштукатурены и подготовлены под роспись стены, залит пол, сооружен временный иконостас. Проведены наружные работам: на кровлю храма установлены барабан и купол. Иеромонахи из Нижегородского Вознесенского Печерского монастыря регулярно совершают Божественные литургии.
В августе 2024 года в Министерстве юстиции России под председательством заместителя министра Всеволода Вуколова состоялось рабочее совещание, посвященное передаче Нижегородской епархии комплекса зданий, расположенных на территории бывшего Высокогорского мужского монастыря и находящихся в оперативном управлении Главного управления Федеральной службы исполнения наказаний (ГУ ФСИН) России по Нижегородской области.
Покровский храм, расположенный на территории бывшего Высокогорского мужского монастыря, возвращен Церкви.
При этом часть монастырских построек находится в оперативном подчинении региональной уголовно-исполнительной системы, в части зданий размещается помещения исправительной колонии №20 ГУ ФСИН России по Нижегородской области, где отбывают наказание осужденные к принудительным работам.
Итогом совещания стало решение о передаче монастырских зданий в ведение Нижегородской епархии. Здания, занимаемые колонией, будут переданы Церкви после определения альтернативного варианта размещения исправительного учреждения и его передислокации.